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저널정보
Korean Institute of Information Scientists and Engineers 한국정보과학회 학술발표논문집 한국정보과학회 2008 가을 학술발표논문집 제35권 제2호(C)
발행연도
2008.10
수록면
172 - 175 (4page)

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이 논문의 연구 히스토리 (2)

2008

효과적인 DNA 검색을 위한 해쉬 기반의 서픽스 트리(Suffix Tree) 방안
송혜주 ,  박영호 한국정보과학회 학술발표논문집 2008.10 학술대회자료

2007

효과적인 DNA 검색을 위한 서열 빈도수 기반의 PST(Pruned Suffix Tree) 개선 방안
송혜주 ,  박영호 ,  안후영 한국멀티미디어학회 학술발표논문집 2007.11 학술대회자료

초록· 키워드

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서열 유사성 검색은 유전자 서열의 기능을 유추하거나 관련 있는 서열들 간의 진화관계를 예측하기 위해 중요한 연구 분야이다. 최근의 서열 유사성 검색에서 빠른 DNA검색을 위한 서픽스 트리를 사용하고 있는데, 메모리 공간 문제를 효율적으로 해결하는 것이 중요하다. 본 논문에서는 효과적인 DNA 서열의 유사성 검색을 위해, 공간 효율적인 해쉬 기반의 서픽스 트리 방안을 제안한다. 이를 위해 먼저, 대용량의 시퀀스를 윈도우 크기의 데이터 셋으로 구성하고, 서픽스 트리를 구축한다. 트리에서의 저장 공간을 줄이기 위해, 서픽스 링크를 제거하고, 오른쪽 자식 노드(Right child Node) 인덱스를 저장하지 않는다. 본 연구에서 구축된 트리의 노드 정보들은 해쉬 테이블을 이용하여 디스크 상에 별도로 저장된다. 이는 서픽스 트리의 메모리 공간 문제 해결을 위한 전처리 과정으로, 질의과정에서의 트리 구축 비용이 소요되지 않으며, 인덱스를 해쉬로 구축한다는 면에서 효율적이다.

목차

요약
1. 서론
2. 관련 연구
3. 공간 효율적인 해쉬 기반의 서픽스 트리
4. 실험 결과
5. 결론
참고문헌

참고문헌 (0)

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