공익법인은 본래 국가가 담당하는 공익업무를 대신 수행하며, 그것이 국가가 직접 공익업무를 수행하는 것보다 사회전체적으로 더 유익할 수 있다는 점에서 공익법인에 대한 세제혜택의 정당성을 찾을 수 있다. 그러나 이러한 세제혜택은 공익법인이 공익에 기여하는 것을 전제로 하므로 공익법인이 세제혜택만 누리고 공인법인에게 부과된 의무를 소홀히 하는 경우에는 이를 교정하는 제도적 장치가 필요하다. 우리나라는 공익법인의 의무위반의 내용과 정도에 따라 중대한 의무위반에 대하여는 증여세를 추징하고, 그보다 낮은 수준의 의무위반에 대하여는 가산세를 부과하고 있다. 그런데 우리나라의 공익법인 관련 가산세제도는 의무위반에 대한 교정효과가 미흡하고 가산세 수준이 과도하다는 등의 문제점이 있으므로 그에 대한 개선방안을 다음과 같이 4가지로 제시하였다. 첫째, 가산세의 교정기능을 강화하기 위하여 3단계의 단계별 과세체계를 도입하고, 공익법인이 고의로 4회 이상 의무위반행위를 반복하는 경우에는 세제혜택을 박탈한다. 결산서류 공시의무 위반, 전용계좌 개설·사용의무 위반, 보고서 제출의무 위반 가산세의 경우 1단계 가산세를 부과하기에 앞서 일정한 기한을 정하여 시정요구를 하고 지정기한까지 시정하지 않는 경우에 비로소 1단계 가산세를 부과하는 것으로 한다. 한편 특수관계기업 광고·홍보 금지의무는 공익법인 대표자의 일탈에 기인하는 것이므로 공익법인 이외에 그 대표자에게도 가산세를 부과한다. 둘째, 가산세의 부담을 적정화하기 위하여 계열기업 주식보유한도 유지의무 위반 가산세와 동일 내국법인 주식보유기준 준수의무 위반 가산세가 중복되는 경우에는 그 중 큰 금액의 가산세를 부과한다. 출연자와 그 특수관계자인 임직원의 취임금지 위반 가산세의 경우 임직원이 실제 근무한 경우까지 경비 전액을 가산세로 부과하는 것은 실질에 맞지 않으므로 가산세 부과에서 제외한다. 또한 결산서류 공시의무, 회계감사의무, 공익법인 전용계좌 사용의무 위반 가산세는 공익법인의 투명성을 확보하기 위한 것이므로 국세기본법상 한도를 적용한다. 셋째, 수익용 또는 수익사업용 재산 의무지출제도를 적용할 때 공익법인의 직접 공익목적사업이면서 동시에 소득세나 법인세의 과세대상이 되는 수익사업에 지출하는 경우 그 수익사업이 실비 수준의 비용을 받는 경우에는 예외적으로 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 취급한다. 넷째, 상증세법 제78조 가산세 규정에서 “징수한다”는 문구를 사용하고 있는 보고서 등 제출의무 위반, 장부작성비치의무 위반 등에 따른 가산세의 경우 다른 가산세와 마찬가지로 과세관청의 부과처분에 의하여 세액이 확정되므로 “징수한다”는 문구 대신 “부과한다”는 문구를 사용한다.
Public service corporations originally perform public service in charge of the state, and tax benefits for public service corporations can be justified in that it can be more beneficial to society as a whole than the state directly performs public service. However, since it presupposes that public service corporations contribute to the public interest, an institutional mechanism is needed to correct it if the public service corporations enjoy only tax benefits and neglect the obligations imposed on them. According to the content and degree of violation of obligations by public service corporations, Korean government imposes gift tax on serious violations of obligations, and imposes penalty tax on lower levels of obligations. In this article, the current status and problems of the penalty tax regulations of public service corporations are examined, and the improvement measures are presented in four ways as follows. First, in order to strengthen the function of correcting penalty tax, a three-stage taxation system should be introduced, and if public service corporations intentionally repeat violations of obligations more than four times, tax benefits should be deprived. In the case of penalty tax on violation of the obligation to publicly announce statements of settlement of accounts, violation of the obligation to open and use exclusive accounts and violation of the obligation to submit reports, prior to imposing the first-stage penalty tax, a certain deadline is set to request correction, and the first-stage penalty should be imposed only if the correction is not implemented by the designated deadline. On the other hand, since the obligation to prohibit advertisement and promotion of related companies is due to the deviation of the representative of the public service corporations, penalty tax should be imposed on the representative as well as on the public service corporations. Second, if the penalty tax for violating the obligation to maintain the stock holding limit of affiliates overlaps with the penalty tax for violating the obligation to comply with the stock holding standards of the same corporation, the bigger penalty tax of the two should be imposed in order to optimize the burden of penalty tax. In the case of penalty tax on the violation of the inauguration ban of executives and employees related to the contributor, it should not be imposed if executives and employees actually work. In addition, in the case of penalty tax on violation of the obligation to publicly announce statements of settlement of accounts, violation of the obligation to undergo tax audit, violation of the obligation to open and use exclusive accounts, the upper limit on penalty tax by the Framework Act on National Taxes should be also applied to ensure transparency of public service corporations. Third, when applying the mandatory expenditure system, if it is a public service corporation’s public interest project and is also subject to income tax or corporate tax, it should not be treated in principle as used directly for public interest projects. However, when they receive expenses at the level of actual expenses in the profitable business, it should be treated as used directly for public interest projects exceptionally. Fourth, in the case of penalty tax on the violation of the obligation to submit reports etc, the tax amount is determined by the imposition of the tax office, so the phrase “imposes” shoulde be used instead of “collects”.